Tärkeimpänä linjana Seitakuorolla on ohjelmistonsa valinnassa löytää aina kuorolle sopivaa ja hyvin soivaa musiikkia. Kuoro pyrkii kuulaaseen ja tasapainoiseen, myös pianissimoissa rikkaaseen sointiin, mutta ei toki kavahda vahvempiakaan tehoja tai erilaisten tyylikeinojen kokeiluja tarpeen mukaan. Aivan moderneimmalta musiikilta on kuitenkin pidättäydytty ja etsitty pikemminkin ohjelmistoa, josta myös kuulija voi helposti nauttia. Konserttiohjelmat pyritään järjestämään aina kokonaisuuksiksi, jolloin paneudutaan myös laulettavan musiikin ominaisiin piirteisiin äänenmuodostusta myöten. Lappilaisen musiikin esittämisen lisäksi Seitakuoro haluaa myös tuoda lappilaisen yleisön kuultavaksi haasteellista ja vaativaa kuoromusiikkia sekä isoja orkesteriteoksia. Viime vuosina Seitakuorolla on ollut ohjelmistossaan neljä painopistealuetta:

1. Nykymusiikki

Ohjelmistoon on valittu viime aikoina paljon uutta musiikkia 1990- ja 2000-luvuilta. Säveltäjänimistä voi mainita mm. Arvo Pärtin, Urmas Sisaskin sekä suomalaisista Jaakko Mäntyjärven, Pekka Kostiaisen ja Kullervo Karjalaisen. Keväällä 2005 Seitakuoro esitti kevätkonsertissa kantaesitykset Jukka Kankaisen ja Esa Tikkalan sävellyksistä. Muukin konserttiohjelma oli koottu uudesta suomalaisesta kuoromusiikista. Keväällä 2008 Seitakuoron konserttiohjelma koostui kokonaisuudessaan 1900- ja 2000-luvuilla sävelletyistä lappilais- ja kalevalahenkisistä lauluista. Myös 50-juhlavuonnaan 2011 Seitakuoro esitti pääsääntöisesti uutta suomalaista kuoromusiikkia, tärkeässä osassa erityisesti Seitakuorolle sävelletyt kappaleet, joista uusimpana syksyllä 2011 kantaesitetty Jan Hellbergin Tunturilauluja-kokoelman teksteihin säveltämä laulusarja Tunturikulkijan tunnelmia. Vuosina 2012 ja 2013 säveltäjäniminä olivat mm. Arvo Pärt, Peteris Vasks, Einojuhani Rautavaara ja Egil Hovland. Keväällä 2014 Seitakuoro esitti viiden ruotsalaisen ja tanskalaisen säveltäjän Nordic Stabat Materin. Ennen Seitakuoroa teos oli esitetty Suomessa vain kerran.

2. Kansallisromantiikka

Seitakuoron ohjelmistoon kuuluu myös klassista suomalaista kamarikuoromusiikkia sekä kansanlauluja. Madetoja, Fougstedt, Kuula, Kotilainen jne. ovat monille tuttuja nimiä. Keväällä 2004 Seitakuoro toteutti teemakonserttikiertueen "Eräs kesäinen rakkaustarina" Lapin läänissä. Konsertti oli punottu yhteen puhutun tarinan avulla, välilauluina kuultiin kansanlauluja ja kansallisromanttisen kuoromusiikin klassikoita. Keväällä ja syksyllä 2010 Seitakuoro konsertoi Helmet-ohjelmistolla, joka koostui suomalaisen kansallisromanttisen kuoroaarteiston rakkaimmista kappaleista. Suomi100-konsertti syksyllä 2017 sisälsi odotetusti kattauksen kansallisromantiikkaa. Perinteistä musiikkia kuullaan aina myös Seitakuoron joulukonserteissa.

3. Vanha musiikki

Seitakuoro on laulanut myös useita renessanssiajan säveltäjien teoksia. Säveltäjänimistä voi mainita esim. Antonio Lottin, Cristobal de Moralesin ja Willam Byrdin. Keväällä 2003 Seitakuoro esitti Allegrin Misereren ensimmäistä kertaa Rovaniemellä. Myös barokkiajan musiikkia löytyy ohjelmistosta paljon. 1990-luvun lopulla Seitakuoro esitti mm. Bachin Johannes-passion sekä Buxtehuden joulukantaatteja. Vuosina 2006-2008 Seitakuoro esitti Marc-Antoine Charpentierin Messe des Mortsin usealla paikkakunnalla. Charpentierin musikkia oli mukana myös kevään 2014 pääsiäiskonsertissa, jossa modernin Nordic Stabat Materin vastapainoksi esitettiin Charpentierin pelkistetty versio Stabat Materista.

4. Orkesterisäestykselliset teokset

Orkesterisäestyksellisten kuoroteosten esittäminen on kuulunut Seitakuoron tavoitteisiin jo vuosikymmeniä. Vuosien varrella esitetyistä teoksista voi nostaa esiin mm. seuraavat:

  • Bachin pääsiäis- ja joulukantaatit
  • Bachin Johannes- ja Markus-passiot
  • Buxtehuden joulukantaatit
  • Schutzin Psalmi 103 ja 84
  • Purcellin Dido ja Aeneas -ooppera
  • Mozartin c-mollimessu ja Missa Brevis in D
  • Saint-Sëansin jouluoratorio
  • Faurén Requiem
  • Charpentierin Messe des Morts
  • Verdin Requiem
  • Kõrvitsin Kreegi vihik
  • Pärtin Te Deum
  • Duruflén Requiem
  • Hovlandin Agnus Dei
  • Pärtin Berliner Messe
  • Vasksin Missa
  • Ellerbyn Mass of St. Thomas Aquinas
  • Hidasin Reuiqem